Výstavbou pôvodne renesančnej budovy kláštora rádu Františkánov spolu s kostolom sv. Petra a Pavla začína kompaktná zástavba budov Samovej ulice horného mesta. Výstavba pôvodne renesančného kláštora a kostola bola ukončená v r. 1634, neskôr barokovo upravená, o čom svedčí aj kamenný reliéf nad vstupom do kláštora. Budova kláštora je spojená s kostolom sv. Petra a Pavla, má podobnú kompozíciu a  použité architektonické prvky na priečelí budovy.

Miestnosti budovy kláštora majú na prízemí pruské klenby, na poschodí rovné stropy. Kláštor prepája chodba, ktorá je v staršej dvojtraktovej budove zaklenutá valenou klenbou s podkasanými lunetami. Najvzácnejšou miestnosťou prízemia bol refektár. Bol zariadený vyrezávaným nábytkom a za lavicami na stenách okolo celej jedálne boli umiestnené reliéfne plastiky – stallá zo života sv. Františka, ktoré v 50. – tych rokoch minulého storočia boli premiestnené spolu s ambonou do kostola, kde sú dodnes.

V refektári sa nachádza obraz poslednej večere z r. 1800 od Jozefa Zannúfiho z Trnavy, ktorý po skonfiškovaní budovy v roku 1950 bol preložený pred ničiacou rukou do sakristie. Pri rekonštrukcii refektára v minulosti sa znovu dostáva na svoje pôvodné miesto. V kláštore sa nachádzala rozsiahla knižnica. 

Budova kláštora Františkánov a kostol sv. Petra a Pavla sú zaradené do celomestkého zoznamu pamätihodností mesta Nitry a  patria medzi národné kultúrne pamiatky v rámci mestskej pamiatkovej rezervácie.

Investor sa rozhodol pre metódu, ktorá predstavuje šetrný stavebný zásah, bez narušenia statiky konštrukcie. Použitá patentovaná technológia na odvlhčenie muriva je založená na injektážnej aplikácii sanačnej hmoty do obvodovej konštrukcie, vytvorením hydroizolačnej zábrany zamedzí prestupu a kapilárnemu vzlínaniu vody, čím dochádza k postupnému znižovaniu vody obsiahnutej v murive.

Vzhľadom na konštrukčné vyhotovenie stavby a osadenie voči terénu bola zvolená horizontálna sanácia obvodového múra i priečok. Vodorovná hydroizolácia sa vyhotovila v dvoch radoch, prvý rad hydroizolačnej vrstvy bol vytvorený pod úrovňou budúcej podlahy a druhý rad hydroizolačnej vrstvy 150 mm nad úrovňou budúcej podlahy.

Takto ošetrené murivo sa postupne zbaví obsiahnutej vody a dochádza k vysušeniu. Vysušením obvodovej konštrukcie docielime predĺženie životnosti stavby a zamedzíme nielen poškodzovaniu, ale vytvoríme i zdravotne priaznivé prostredie pre užívanie priestorov.